Come immaginavo, il KB2533552 non è realmente integrato, ma viene lanciato in "runonce" al termine dell'installazione, esattamente come le Microsoft.NET Framework 4.5.3.
Visto che usi WinToolkit, allora, per avere una vera integrazione delle Microsoft.NET Framework, potresti usare l'addon 4.5.2 di abbodi
Per quanto riguarda la lista che usi, ho verificato che nella mia lista mancano apparentemente i seguenti aggiornamenti:
KB2503665 sostituito da KB2961072
KB2510531 JScript e VBScript 5.8 con Internet Explorer 8 (non serve se usi IE11)
KB2532531 sostituito da KB2732487-v2
KB2533623 sostituito da KB2922229 e KB2871997-v2
KB2639308 sostituito da KB2871997-v2
KB2653956 sostituito da KB2862966
KB2655992 sostituito da KB2871997-v2
KB2703157 sostituito da KB2729452
KB2731771 sostituito da KB2922229
KB2743555 sostituito da KB2871997-v2
KB2758857 sostituito da KB2922229
KB2785220 sostituito da KB2871997-v2
KB2836942 sostituito da KB2861698
KB2836943 sostituito da KB2931356
KB2840149 sostituito da KB2928562
KB2909210 sostituito da KB2976627
KB2913751 sostituito da KB2923545
KB2926765 sostituito da KB2980245
KB2952664 non più richiesto
C'è in più KB2506928-v2.
P.S.: Come già specificato in passato, le sostituzioni non sono solo quelle dei bollettini MS, ma si basano sull'effettivo contenuto degli aggiornamenti.
Ci sono duplicati anche nella lista "fresca" di WU, che poter completare l'aggiornamento del sistema necessita di almeno 2 tornate (è qui che casca l'asino
)